El término microbiota hace referencia al conjunto de las comunidades de microorganismos que habitan en un determinado ecosistema, por ejemplo sobre la piel, en el tracto digestivo o en la superficie de las mucosas del hospedador. Se estima que la microbiota autóctona está compuesta por más de 1.000 especies de microorganismos incluyendo protozoos, hongos, arqueas o bacterias, siendo estas últimas las que se encuentran en mayor abundancia y las más frecuentemente estudiadas. Las bacterias se pueden aislar de forma individual utilizando medios de cultivo específicos, lo que limita su identificación. Gracias al desarrollo de los métodos de secuenciación y cultivo masivo, y a la utilización de nuevas herramientas computacionales, hoy podemos caracterizar con una mayor precisión la diversidad y composición de las comunidades microbianas. Estos avances han permitido profundizar en el estudio de las funciones de las comunidades microbianas, las cuales juegan un papel relevante en el metabolismo y la salud del hospedador.